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なぜ除菌が失敗するのか？
これは過去に風邪で内科にかかったときなどに、本人が知らないうちに抗生物質を飲んでいることが最大の原因です。除菌に使うものと同じ系統の薬が風邪でもよく使われるのです。この時に、胃内のピロリ菌が薬剤耐性に変異するのです。したがって「今まで、抗生物質を飲んだことは1度も無い」という特殊な方は除菌が成功します。 もう一つの理由（少数派）は胃酸を抑える薬の効きが不十分のために抗生物質が胃内で殺菌活性を十分に出せない方もいます除菌が無効な場合は？
菌が抗生物質に耐性になっているためです。クラリスロマイシンをフラジール（メトロニダゾール）という薬に変更してもう一度、除菌するチャンスがあります。（保険適応外です）。大部分の方は除菌が成功します
なぜフラジールは薬剤耐性がないのか？
フラジールは、非常に特殊な抗生物質で風邪などで処方されることはありません。フラジールが使われるのは、（１）東南アジアの伝染病である大腸アメーバ（２）女性の性病のトリコモナス感染症・・・の2つだけです。過去にこの2つの特殊な病気の治療経験が無ければ、理論的に胃内のピロリ菌がフラジール耐性に変異することは、考えられませんフラジールでも無効なら
この場合は、除菌成功の望みはかなり小さいのですが、いくつかの試行錯誤が学会で発表されています。胃酸を抑える薬を増量して再除菌すると成功する方もいます。他の系統の薬（タリビット）を使うと成功する方もいます。これらは、まだ試験段階ですが・・・