消毒に完璧は無い
もし医師が「内視鏡は完全消毒しているので安全です」と言ったら、それは航空会社が「飛行機は落ちません」と言うのと同じです。消毒を強化することで「感染の可能性」は指数関数的に小さくなりますが「ゼロ」になることは無いです。「感染の可能性」よりも「胃癌･大腸癌の危険」の方がはるかに高い場合に内視鏡検査を受けるメリットが保証されます。
最も解り易い例はHPV（パピローマウイルス）です
これは、コンジローマという肛門周辺の皮膚病で、癌化することがあります。原因はパピローマ（HPV）というウイルスで、伝染病（性行為感染症）です。最近、子宮癌の原因ウイルスをワクチンで予防しようと話題になっているウイルスです。
このウイルスは内視鏡を介して感染する危険性が以前より問題になっていました。現在の消毒法で、このウイルスが消毒されるか？というと実は「確実な証拠」はありません。このウイルスは培養実験ができないために消毒の効果を判定できないのです。
確実ではないが、おそらく消毒されるだろうという推定しかありません。このような「未確認ウイルス」は実は他にも多数あります。専門家の多くが「おそらく現在の高レベル消毒で未確認ウイルスも死滅するはずだ」と推定しているのですから必要以上に不安になる必要はありません。しかし消毒時間を倍にすれば消毒の効果は倍になる、ということに専門家の誰も異論はありません。