２０１８年の報告では「７種類の悪玉のCore Set」が同定されました。更に２０１９年のNatureに、二つの報告（文献 文献）が行われ最終的に「２９種類の悪玉のCore Set」が同定されました
では、腸内細菌が発癌の原因になるのは何故か？といいますと（１）粘膜に炎症を起こすから（２）胆汁を化学変化させるから（３）直接、発癌物質を産生するから、という３つのモデルが提唱されています
炎症モデル
「発癌性のある腸内細菌」＝「腸に炎症を起こす」であるという報告が多いです。また、以前に紹介した「癌の患者さんの便をマウスに移植する実験」では、「腸に炎症が起こる」ことも観察されています。
普段は炎症を起こさない腸内細菌が何故、炎症を起こすのか？ここに重要な鍵があると予想されています。現在、研究者が注目しているのが「自然免疫系（TLR受容体）」と「インターロイキン１７」などですが・・・・・、「全体の解明」には程遠い状況です。
胆汁モデル
高脂肪食⇒胆汁⇒発癌物質という経路は「まず間違いない」とされています（Natuure文献 Cell文献）。そして胆汁の代謝（化学変化）に腸内細菌が重要な関与をしているという主張があります（２０１４年 Nature Revuew)
発癌物質モデル
腸内細菌の中には「発癌性のある物質」を産生する明白な「発癌性細菌」があります。しかし実際には、例外的な存在で、多くは見つかっていません。またピロリ菌と同様に「除菌することで大腸癌が予防できる」ことが証明された菌はありません」。代表的な発癌物質はCDTと Colibactinの二つです。産生する菌は大腸菌、キャンピロバクター、エンテロバクター、バクテロイデスなど多岐に渡ります。特定の菌が産生する、というよりも「菌の特殊なサブタイプ（株）」が産生します。これは、コレラ菌の多くが無害なのに、特別な株（エルトール型）だけが毒素を作るという現象と全く同じです。
また「最悪の悪玉菌」と考えられているフゾバクテリアは現時点では「発癌性のある物質」を産生している証拠はありません。